Hıristiyanlığın en temel tartışmalarından biri İS 310 yıllarında başladı. Dört havari tarafından yazılan birbirinden farklı İncil'lerin yanı sıra uydurma İncil'ler de çoğalmıştı. Roma İmparatoru Konstantin Hıristiyanlığı kabul edince bu İncil'lerin birleştirilmesini istedi. Kilise önderlerinden Arius, bu yeni İncil'in ve İsa'nın Tanrı olduğu inancının yanlış olduğunu savundu. Arius'un görüşleri taraftar toplamaya başlayınca kilise önde gelenleri ve imparator harekete geçti.
İmparator Konstantin, Roma İmparatorluğu'nda resmi din olacak Hıristiyanlığın temel standartlarının belirlenmesi ve Ariusçuluğun önlenmesi amacıyla bir toplantı düzenledi. Davet edilen bütün episkoposlara ve diğer kilise liderlerine, senatörlere tanınan haklar tanınır; bütün giderler İmparatorluk tarafından karşılanır. Konstantin'in de katıldığı ancak oy kullanmadığı konsil 325 yılında İznik'te toplandı ve İznik Konsili diye anıldı. Bu toplantı, bir geleneğin başlatıcısı oldu ve o tarihten bugüne kadar 21 konsil toplandı. Katolik ve Ortodoks görüşlerin temellerini oluşturan kararlar bu konsüllerde alındı. Ancak, kilise, 1054 yılında Katolik ve Ortodoks diye ikiye bölündüğü için, Ortodokslar, bu tarihe kadar olan sekiz konsülü kabul ederler. Bu sekiz konsül şunlardır: I. İznik Konsili (325), I. İstanbul Konsili (381), Efes Konsili (431), Kadıköy Konsili (451), II. İstanbul Konsili (553), III. İstanbul Konsili (680), II. İznik Konsili (787), IV. İstanbul Konsili (869). Bundan sonraki konsüllerin tamamı Avrupa'da toplandı.
İznik Konsili'nde Arius aforoz edilmiş, İsa'nın Tanrılığı meselesi de 'Oğul ile Baba'nın aynı tözden olduğu' teziyle benimsenmişti. Bu kilise ile devletin dayanışma içine girmesinin ilk örneğiydi. II. İznik Konsili ise 'İkonoklazm' tartışmasını çözüme bağlamak üzere düzenlendi. İkonlara saygı gösterilmesi ama tapınılmaması kararlaştırıldı.
Konsillerin toplanmasından anlaşılacağı üzere İznik, o zamanlar dinsel bir merkezdi. 365 yılında metropolitlik merkezi olan kentin tam ortasında Ayasofya Kilisesi, 4. yüzyıla ait bir bazilikaydı. Bugün yalnızca duvar kalıntıları görülebilir. Koimesis ve Hisios Trifonos kiliselerin de temelleri günümüze ulaşmış durumda. Bizans dönemine ait saray ise İznik Gölü'nün suları altında. Kentteki sukemerleri de yine Bizans döneminden kalma.